江南百景图船运核心是通过码头跨城运输人员、资源与建筑，优先解锁并升级码头，人员与物资分开运输，合理规划航线与运输顺序，能大幅提升城市发展效率与资源流转速度。
船运的基础操作需先解锁新城市并建造码头，应天府为初始城市，苏州为首个解锁的新城，后续可解锁扬州等区域。点击屏幕左下角应天府印进入大地图，找到帆船图标进入码头界面，选择出发地与目的地，再勾选运输的人员或资源即可发起运输。运输耗时与数量相关，单人运输需30分钟，两人运输需1小时，资源运输每2份耗时1分钟，可通过广告加速但资源运输不建议使用，效率较低。
人员与物资分开运输是关键技巧，苏州初始仅1级仓库，容量有限，若人员与物资同运，仓库无法容纳物资时，人员会无法下船，船只也会滞留无法复用。优先运输人员到新城，解锁建筑与生产功能后，再少量多次运输资源，前期优先运送菜肴、木头等基建刚需物资，避免仓库溢出。解锁苏州后，已抽取但未入住应天府的人物可直接入住苏州，无需重复运输。
码头升级与航线规划影响运输效率，所有州府码头建议升至3级，解锁第三条运输航线，还可跨城运输建筑且无视建筑仓库容量。佛系玩家保留两条航线即可，第三条航线需消耗200补天石，可将资源用于其他升级。日常运输以应天府为资源输出核心，苏州侧重商业盈利，形成“应天生产、苏州赚钱”的互补循环，资源流转效率最高。
漕运玩法是高阶船运模式，解锁扬州府漕运码头后开启，通过司南获取通航步数，消耗步数前往不同漕运码头完成事件，可获得玉石、油墨、压舱石等稀有材料，以及升级码头的粗麻绳、篷布等道具。漕运航线需用连票解锁，优先解锁淮安府-徐州、徐州-临清等核心航段，完成事件可获取连票，形成良性循环。限时漕运活动可按黄点标记循环航行，定期返回码头交付物资，获取金画轴等奖励。
