燕云十六声水下宝箱需先触发对应任务、破解水下机关、把控潜水节奏并处理特殊障碍，按步骤操作即可顺利获取。
获取水下宝箱多从侠迹卷四黎蓁蓁任务开启，先到丹崖区域悬崖右侧找到NPC天不收对话接取任务，随后跳入附近湖泊下潜至湖底。下水后按V键开启探索模式，能清晰看到湖底三个机关，依次激活后湖水会逐渐抽干，露出湖底地形与隐藏通道。湖底盲女雕像旁藏有核心宝箱，先触发雕像前按钮，再按北、东、南、西顺序踩下方位机关，通道大门便会开启。通道内有致命布条陷阱，需全程下蹲缓慢移动，低矮处可借助右侧石块跳跃避开，沿途能捡到多个隐藏宝箱，断桥尽头还可获取关键书信线索。
部分水下宝箱分布在天工地窟等复杂水域，进入洞窟后直接下潜，朝着光亮处游动，穿过石柱后左手边可见第一个宝箱。这类水域有水流与水龙障碍，从石柱右侧游动可安全规避，游至水面亮光处上岸，能拿到平台上的第二个宝箱。再次下水后需留意屏息值，及时到潜艇或换气点补充氧气，朝左侧大门洞游动，门口灯下方有开关，激活后进入小门洞，可找到第三个宝箱。继续沿灯光指引前进，依次开启沿途宝箱，全程保持方向感，避免在复杂水道中迷路。
菩提苦海区域的水下宝箱有鳄鱼守护，不能直接下水强攻。先定位宝箱与鳄鱼位置，启用F4建造模式，用木板从岸边向水域上方搭建完整覆盖层，将鳄鱼困在水下。待鳄鱼无法攻击后，下潜至宝箱位置开启，能安全获取奖励。弱水岸等区域的水下宝箱需提前准备避水珠，在杂货铺购买后装备，下潜时可延长水下停留时间，避开发光水母等致幻障碍，顺利抵达河底开启宝箱。
开启水下宝箱后常触发后续机关，如触碰高处蓝花可切换场景亮度，黑暗中跟随光圈前进，再次触碰蓝花能解锁隐藏宝箱。部分石门需用弓箭按3、4、1、2顺序射击青铜钟靶心，解锁后进入新区域，石桌附近还有额外宝箱可收集。所有水下宝箱开启后，能获得破碎信纸、前尘旧物、周元通宝等道具，集齐线索还可解锁隐藏成就与剧情。
