《荣誉指挥官》中玩家将指挥军队与其他敌人作战，通过改变军队的布阵以及在场景中布置各种城防建筑来战斗。游戏中的兵种有详细的克制系统，不同的兵种有各自的特性以及适合的站位，这些细节将是决定战斗胜负的关键点。
玩家将与真实的在线用户对抗，随着战斗的深入，敌我双方都会定制不同的战斗策略、只求击败敌方获得战斗胜利。想要获得对战最后的胜利就必须要从火力和策略思维上全面压制对手。
游戏中的站场分为三大版图，战神大本营、兵种建筑以及中部的战场。每一个区域都起到独特的作用，玩家要在三个区域中进行不同的布局和操作。兵种建筑区域的主要作用是让玩家在这个区域中排兵布阵，在这里改变兵种的站位以及放置不同的兵种，在战斗开始的时刻，为开战做好充分的准备。
中央的战场是战斗开始后双方交战的重要区域，如果在面对敌人的时候我方士兵被全部消灭，那么敌人的部队就会穿过传送明，并且对我方守护营地的战神造成攻击，如果我方战神无法承受攻击遭到击杀，那么敌人将获得胜利，反之亦然。
战神大本营是战神所在的位置，战神的作用是主动攻击进入自己攻击范围内的敌人，主要起到防御作用，但是后期士兵的数量变得越来越多，能力也更加强大，在没有一线作战单位支援的情况下，战神再强大也无法靠一人歼灭敌方所有军队。在作战的时候玩家需要控制一线作战单位抵抗敌人的进攻，并且尽量使用克制敌方兵种的作战单位参战，在作战中让敌人处于劣势，之后让我方士兵发动人海战术，对敌方战神以及城堡防线造成致命打击。
游戏中存在着大量的兵种，玩家在战斗的时候会有更多的 选择，并且兵种存在着互相克制的设定。比如肉盾型的作战单位，在战斗中能够防御后排魔法师和弓箭手造成的远程伤害，并且扛住伤害对脆皮角色造成强力伤害。
进攻型的作战单位在面对远程角色的攻击时会快速失去战斗力，但是与肉盾这种只有防御力最出色的兵种相遇却能够占据优势。在每一个回合调整自己携带出站的兵种，则是在对局中最考验玩家策略能力的地方。
